Michel Gauthier est né à Paris en 1946.
Après ses études, aux Arts appliqués à l'Industrie et à l'IDHEC (dans l'éphémère section animation), il débute à une époque où la production d'animation n'offre que très peu de débouchés.
En 1972, il travaille comme animateur à la télévision scolaire puis à l'ORTF, sur des programmes comme Les Frustrés, et Les Shadoks, de Jacques Rouxel, pour qui il continuera de collaborer au sein de sa société AAA, en alternance intermittente avec la SFP et son service des arts graphiques.
En 1976, un grand prix au Festival de Biarritz lui permet d'enchaîner la réalisation de nombreux films institutionnels - une quarantaine - qui seront distingués en France et à l'étranger. Quelques incursions dans des films d'autres réalisateurs pour de courtes séquences animées lui feront alors découvrir les exigences du long métrage, notamment en réalisant un faux film publicitaire pour L'Argent des autres, de Christian de Chalonges (1978).
1979 marque le début de sa collaboration avec la société l'Audiovisuel pour l'éducation et la culture (SAVEC) de Claude Cobast, pour qui il met en place une structure légère de production de dessins animés, dans laquelle seront réalisés de nombreux films à caractère informatif, pédagogique, préventif. La SAVEC produira également les courts métrages : Un matin ordinaire, Sans préavis, La campagne est si belle, L'Intouchable et l'Intrus, qui seront plusieurs fois primés.
A partir de 1981, il réalise, pour la société Belokapi, de courtes séries destinées à l'émission de Christophe Izard, Le Village dans les nuages.
En 1983, il est sollicité par la SFP pour réaliser le pilote de la série Les Mondes engloutis. L'année suivante, le producteur Gilbert Wolmark crée France Animation pour produire et fabriquer les cinquante-deux épisodes de la série qui obtient un certain succès et semble inscrite, encore aujourd'hui, dans la mémoire de nombreux trentenaires.
La réalisation, en 1991, pour les éditions Dupuis, d'un générique pour l'émission Spirou libre, sur Canal J, est le point de départ de douze années de collaboration qui lui permettent, outre de se confronter au délicat problème de l'adaptation, d'approfondir le travail de production artistique et exécutive sur les séries Spirou, Papyrus, Cédric et Kid Paddle.
Michel Gauthier a toujours milité pour le développement de la production en France, notamment par le biais des séries. Il est à l'origine de la création, en 1973, de la section animation au sein du Syndicat national des techniciens qui, en 2004, a signé une convention collective propre à l'animation avec le SPFA (Syndicat des producteurs de films d'animation).
Aujourd'hui… Après son départ de Dupuis Audiovisuel, il se consacre à des projets personnels qui ne seront peut-être pas tous du "cinéma dessiné".